任丽丽教授呼吸系感染性疾病的精准诊断丨C

编者按

任丽丽教授和她的团队最早发现新冠病毒，在国内首批建立新冠病毒病原检测方法，疫情早期最早提出联合抗体检测显著提升新冠病例诊断率，也是率先提出食品冷链可能是病毒新型传播载体的团队。在CACP年会中，任丽丽教授就呼吸系感染性疾病的病原学诊断的现状做出了分析，通过对急性呼吸道感染病例病毒组成谱和检出率的研究，对未来病原病因学的精确诊断技术做出了展望。

在最新发布的全球高疾病负担排行榜上看出，呼吸道感染仍然位于全球死因的前列（如图1）。引起呼吸道感染的病原具有种类多、变异频、含量低的特点，往往还存在复杂的共感染[1]，使得呼吸道感染的病原检测诊断难度较大。因此，呼吸系感染性疾病的病原学诊断一直是呼吸系感染性疾病领域的重点和难点问题。

图1：全球高疾病负担排行榜

一、呼吸系感染性疾病诊断的现状

（一）病原学诊断的挑战

在呼吸道病原学诊断上的挑战主要来自四个方面：（1）病原种类多，但传统认知的感染病原种类有限，检测范围受限；（2）呼吸道作为开放的腔道，复杂人体共生微生物的存在会干扰检测结果；（3）新发或罕见人类感染病原的鉴别受到检测技术影响；（4）自然界潜在可感染人类的微生物识别尚不完全。

前沿技术的发展极大促进了对新发病原的认识，如「新冠病毒」等的发现和鉴定，提高了对病原谱组成的认知范围；人体微生物组研究领域的发展，丰富了对感染病原的认识，发现的特定呼吸道微生物组组成与呼吸道感染的关联，产生了可完善教科书的知识；但在病原学诊断中，复杂的人体共生微生物成为不可忽视的干扰因素。目前人类对于病原体的认知还比较有限，据估计全球有约万种病毒，但已发现可感染人类的病毒仅有多种[2]（如图2），自然界中尚有大量的潜在感染人类的病原有待认识，这成为病原学诊断面临的巨大挑战。

图2

（二）病原病因学诊断能力提升感染性疾病诊疗能力

呼吸道是与外界直接相通的器官，每天吸入的空气中含有大量的微生物，部分可能成为感染病原。针对多种病原，能否第一时间确定其种类，完成病因学诊断，这是提升我们的感染性疾病诊疗能力的关键。国内外的呼吸道感染病原学研究表明，即使用灵敏的分子生物学方法筛查病原，也有近50%的病例无法找到明确病原学证据[3~7]（图3）。针对不明原因感染，尤其是新发突发的呼吸道传染病疫情，能否第一时间鉴定到病原，对国家和社会安全则是具有至关重要的意义。

图3

（三）检测技术驱动病原学诊断的发展

病原学诊断的发展由检测技术来驱动的。回顾病原学诊断历史，从革兰氏染色和培养，到确证病原的科赫氏定律，发展到现代的PCR方法、Sanger测序法和下一代测序方法等，技术的进步使得感染病原学领域研究快速积累了大量的数据，促进了对感染病因学的认识。但是，在临床实践中，检测病原的收益等仍处于不断讨论和形成共识的过程中。

（四）病毒检测的临床收益

年美国胸科协会评估了疑似社区获得性肺炎(Communityacquiredpneumonia，简称CAP）的患者开展流感病毒以外的其他病毒的检测的临床收益[8]。认为门诊病例可做流感病毒检测，但对于流感以外的病毒，考虑到临床诊疗的收益不大，不建议进行常规的筛查。对于住院病例，推荐常规筛查流感病毒，不推荐常规检测流感病毒以外的病毒。对于重症CAP和免疫功能低下的人员推荐筛查是否存在其他的病毒以及支原体和衣原体等非典型病原体。上述不推荐常规筛查流感病毒以外的其他病毒，是由于循证的依据不足。因为是否检测流感病毒以外的病毒，对于是否缩短抗生素使用时长和住院时长，并无明确的临床收益。我国学者基于多中心的临床病原学研究认为非流感病毒在导致的疾病严重程度和临床转归上与流感病毒具有同样重要的作用[9]。观点存在争议的原因是由于该类研究设计还十分有限，进一步需要完善研究设计，更

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